Pengaruh Metode Isolasi DNA terhadap Kuantitas dan Kualitas Hasil Ekstraksi Genom Padi dan Tebu
Keywords:
Ekstraksi DNA, Kualitas DNA, Konsentrasi DNA, Isolasi DNA, Visualisasi PCR, DNA GenomicAbstract
Teknik isolasi DNA merupakan salah satu metode dasar dalam bidang biologi molekuler yang bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen seluler lainnya. Memperoleh DNA berkualitas tinggi dengan hasil yang baik merupakan faktor pembatas dalam analisis genetik tanaman, karena sulit untuk memperoleh DNA berkualitas tinggi dalam jumlah yang memadai. Penelitian ini kami lakukan untuk mengoptimalkan teknik isolasi DNA genomik dari sampel tanaman, dengan tujuan memastikan kualitas dan kuantitas DNA yang diisolasi cukup untuk analisis molekuler. Metode yang digunakan melibatkan perbandingan teknik ekstraksi menggunakan metode mekanis dan metode gerus. Daun tebu dan padi, baik dalam kondisi basah maupun kering, digunakan sebagai sampel. Hasil penelitian menunjukkan peningkatan signifikan dalam konsentrasi dan kualitas DNA saat sampel basah digiling menggunakan proses gerus. Berdasarkan perbandingan absorbansi pada A260/A280 nm dan A260/A230 nm, serta hasil uji nanodrop, proses penggerusan menghasilkan kualitas dan konsentrasi DNA yang lebih tinggi. Dibandingkan dengan metode mekanis, hasil visualisasi PCR menunjukkan bahwa metode gerus dapat mengekspresikan pita DNA yang lebih tebal pada sampel daun padi. Sementara itu, terdapat beberapa variasi dalam ekspresi pita DNA pada sampel daun tebu. Data kuantitatif dihasilkan dari temuan visualisasi PCR. Metode gerus terbukti menghasilkan jumlah dan kualitas DNA sampel terbaik, berdasarkan hasil penelitian.
Downloads
References
Abdel-Latif, A., & Osman, G. (2017). Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant Methods, 13(1). https://doi.org/10.1186/s13007-016-0152-4
Abubakar, B. M., Salleh, F. M., Wagiran, A., & Abba, M. (2021). Comparative Evaluation of Different DNA Extraction Methods from E. Longifolia Herbal Medicinal Product. EFood, 2(1), 21–26. https://doi.org/10.2991/efood.k.210202.001
Ambawat, S., Singh, S., Satyavathi, C. T., Meena, R., Meena, R. C., & Khandelwal, V. (2020). Development of a High Quality, Rapid, Efficient and Economical DNA Extraction Protocol from Climate Resilient Pearl Millet Crop Without Liquid Nitrogen. International Journal of Environment and Climate Change, 85–94. https://doi.org/10.9734/ijecc/2020/v10i1230287
Arslan, M., Tezcan, E., Camci, H., & Avci, M. K. (2021). Effect of DNA Concentration on Band Intensity and Resolution in Agarose Gel Electrophoresis. Van Sağlık Bilimleri Dergisi, 14(3), 326–333. https://doi.org/10.52976/vansaglik.969547
Buchori, A., Firmansah, H., Anika, M., Ratnawati, S., Ulfa, U. T., & Zendrato, Y. (2023). Komparasi Metode Ekstraksi DNA Menggunakan Daun Padi: Review. Agriculture and Biological Technology, 1(1), 40–50. https://doi.org/10.61761/agiotech.1.1.40-50
Cristina, D., Ciucă, M., & Cornea, C.-P. (2017). COMPARISON OF FOUR GENOMIC DNA ISOLATION METHODS FROM SINGLE DRY SEED OF WHEAT, BARLEY AND RYE. AgroLife Scientific Journal, 6(1). http://shigen.nig.ac.jp/ewis/article/html/118/article.h
de Jonge, W. J., Brok, M., Kemmeren, P., & Holstege, F. C. P. (2020). An Optimized Chromatin Immunoprecipitation Protocol for Quantification of Protein-DNA Interactions. STAR Protocols, 1(1). https://doi.org/10.1016/j.xpro.2020.100020
Fang, Y., Xu, M., Chen, X., Sun, G., Guo, J., Wu, W., & Liu, X. (2015). Modified pretreatment method for total microbial DNA extraction from contaminated river sediment. Frontiers of Environmental Science & Engineering, 9(3), 444–452. https://doi.org/10.1007/s11783-014-0679-4
Herbert, N., Purohit, D., & Mignault, H. (2022). Evaluating DNA purity ratio determination with the CTechTM️ SoloVPE system®️. Cell and Gene Therapy Insights, 08(08), 1047–1054. https://doi.org/10.18609/cgti.2022.155
Kanwal, S., Jamil, S., Shahzad, R., Rahman, S.-U., & Iqbal, M. Z. (2021). Standardization of different protocols for genomic DNA isolation from Phoenix dactylifera L. Pakistan Journal of Botany, 53(5). https://doi.org/10.30848/PJB2021-5(6)
Larissa Anggisti, Dewi Indriyani Roslim, & Herman. (2020). OPTIMASI SUHU ANNEALING UNTUK AMPLIFIKASI GEN AKTIN PADA PANDAN (Pandanus sp). DINAMIKA PERTANIAN, 34(2). https://doi.org/10.25299/dp.2018.vol34(2).5411
Mokoena, N. Z., Steyn, H., Hugo, A., Dix-Peek, T., Dickens, C., Gcilitshana, O. M. N., Sebolai, O., Albertyn, J., & Pohl, C. H. (2023). Eicosapentaenoic acid influences the pathogenesis of Candida albicans in Caenorhabditis elegans via inhibition of hyphal formation and stimulation of the host immune response. Medical Microbiology and Immunology, 212(5), 349–368. https://doi.org/10.1007/s00430-023-00777-6
Nugroho, K., Satyawan, D., Tasma, I. M., & Lestari, P. (2022). Genomic DNA Extraction: The Critical Stage in Plant Molecular Analysis Activities. Jurnal AgroBiogen, 18(1), 33. https://doi.org/10.21082/jbio.v18n1.2022.p33-44
Restu, M., & dan Gusmiaty, M. (2012). Optimalisasi Teknik Ekstraksi dan Isolasi DNA Tanaman Suren (Toona Sureni Merr.) untuk Analisis Keragaman Genetik berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Natur Indonesia, 14(2), 138–142.
Sahu, S. K., Thangaraj, M., & Kathiresan, K. (2012). DNA Extraction Protocol for Plants with High Levels of Secondary Metabolites and Polysaccharides without Using Liquid Nitrogen and Phenol. ISRN Molecular Biology, 2012, 1–6. https://doi.org/10.5402/2012/205049
Sembiring, E. R., Terryana, R. T., Anggraheni, Y. G. D., Prihaningsih, A., Batubara, I., Nurcholis, W., Ridwan, T., & Harmoko, R. (2023). Efektivitas Metode Ekstraksi DNA pada Daun Segar dan Kering dari Tanaman Obat. Vegetalika, 12(3), 211. https://doi.org/10.22146/veg.78957
Setyawati, R., & Zubaidah, S. (2021). Optimasi Konsentrasi Primer dan Suhu Annealing dalam Mendeteksi Gen Leptin pada Sapi Peranakan Ongole (PO) Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Indonesian Journal of Laboratory, 4(1), 36. https://doi.org/10.22146/ijl.v4i1.65550
Siregar, I. Z., Ramdhani, M. J., Karlinasari, L., Adzkia, U., Arifin, M. Z., & Dwiyanti, F. G. (2021). DNA isolation success rates from dried and fresh wood samples of selected 20 tropical wood tree species for possible consideration in forensic forestry. Science & Justice, 61(5), 573–578. https://doi.org/10.1016/j.scijus.2021.07.002
Sophian, A., & Syukur, A. (2021). Analysis of Purity and Concentration of Isolated DNA in Making Raw DNA of Rat Species. Eruditio : Indonesia Journal of Food and Drug Safety, 1(2), 1–5. https://doi.org/10.54384/eruditio.v1i2.75
Sophian, A., & Yustina, Y. (2023). Analisis Nilai Kemurnian DNA Menggunakan Nano Fotometer pada Rasio 260/230 yang Diisolasi dari Produk Nugget. Muhammadiyah Journal of Nutrition and Food Science (MJNF), 3(2), 82. https://doi.org/10.24853/mjnf.3.2.82-86
Susila, I Putu Gede P. Damayanto, Kusumadewi Sri Yulita, & Nawwall Arrofaha. (2024). Perbandingan Teknik Isolasi DNA pada Daun dan Kayu Sonokeling (Dalbergia latifolia). MANILKARA: Journal of Bioscience, 2(2), 69–81. https://doi.org/10.33830/manilkara.v2i2.7517.2024
Syaifudin, M. (2021). Gel electrophoresis: The applications and its improvement with nuclear technology. 050008. https://doi.org/10.1063/5.0042067
Tang, P. L., Hao, E., Du, Z., Deng, J., Hou, X., & Qin, J. (2019). Polysaccharide extraction from sugarcane leaves: combined effects of different cellulolytic pretreatment and extraction methods. Cellulose, 26(18), 9423–9438. https://doi.org/10.1007/s10570-019-02740-2
Tanzil, A. I., & Fanata, W. I. D. (2024). Pengaruh Teknik Isolasi DNA Genom Tanaman Tembakau Terhadap Kualitas dan Kuantitas Hasil Ekstraksi. AGRORADIX : Jurnal Ilmu Pertanian, 7(2), 21–28. https://doi.org/10.52166/agroteknologi.v7i2.6215
Tunnisa, W. (2022). Optimasi Ekstraksi DNA dan Amplifikasi Gen Spesifik ndhF pada Tiga Aksesi Rumput Kikuyu (Pennisetum clandestinum Hochst. ex Chiov) [Minor Thesis]. UIN Syarif Hidayatullah .
Wulandari, N., Putri, G. A., & Nurjayadi, M. (2023). Deteksi Cepat Foodborne Pathogen Bakteri Cronobacter sakazakii pada Susu Bubuk Formula dengan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction. JRSKT - Jurnal Riset Sains Dan Kimia Terapan, 9(2), 91–98. https://doi.org/10.21009/JRSKT.092.06
Zhang, F.-J., Zhang, K.-K., Du, C.-Z., Li, J., Xing, Y.-X., Yang, L.-T., & Li, Y.-R. (2015). Effect of Drought Stress on Anatomical Structure and Chloroplast Ultrastructure in Leaves of Sugarcane. Sugar Tech, 17(1), 41–48. https://doi.org/10.1007/s12355-014-0337-y
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2026 AGRORADIX : Jurnal Ilmu Pertanian
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
